1、聚集索引

表数据按照索引的顺序来存储的，也就是说索引项的顺序与表中记录的物理顺序一致。对于聚集索引，叶子结点即存储了真实的数据行，不再有另外单独的数据页。

在一张表上最多只能创建一个聚集索引，因为真实数据的物理顺序只能有一种。

从物理文件也可以看出 InnoDB（聚集索引）的数据文件只有数据结构文件.frm和数据文件.idb 其中.idb中存放的是数据和索引信息 是存放在一起的。

2、非聚集索引

表数据存储顺序与索引顺序无关。对于非聚集索引，叶结点包含索引字段值及指向数据页数据行的逻辑指针，其行数量与数据表行数据量一致。

从物理文件中也可以看出 MyISAM（非聚集索引）的索引文件.MYI和数据文件.MYD是分开存储的 是相对独立的

总结：

聚簇索引和非聚簇索引的区别是:

聚簇索引（innoDB）的叶子节点就是数据节点;

而非聚簇索引（myisam）的叶子节点仍然是索引文件 只是这个索引文件中包含指向对应数据块的指针

对于 非聚簇索引 来说，每次通过索引检索到所需行号后，还需要通过叶子上的磁盘地址去磁盘内取数据（回行）消耗时间。为了优化这部分回行取数据时间，InnoDB 引擎采用了聚簇索引。
聚簇索引，即将数据存入索引叶子页面上。对于 InnoDB 引擎来说，叶子页面不再存该行对应的地址，而是直接存储数据。

这样便避免了回行操作所带来的时间消耗。 使得 InnoDB 在某些查询上比 MyISAM 还要快！

ps. 关于查询时间，一般认为 MyISAM 牺牲了功能换取了性能，查询更快。但事实并不一定如此。多数情况下，MyISAM 确实比 InnoDB 查的快 。但是查询时间受多方面因素影响。InnoDB 查询变慢得原因是因为支持事务、回滚等等，使得 InnoDB的叶子页面实际上还包含有事务id（换句话说就是版本号） 以及回滚指针。

简单来说，聚簇索引不适用于频繁更新的列、频繁修改的索引列和小数目的不同值。

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