Scala DenseMatrix类代码示例

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本文整理汇总了Scala中org.apache.spark.mllib.linalg.DenseMatrix类的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Scala DenseMatrix类的具体用法？Scala DenseMatrix怎么用？Scala DenseMatrix使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的类代码示例或许可以为您提供帮助。

在下文中一共展示了DenseMatrix类的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于我们的系统推荐出更棒的Scala代码示例。

示例1: SamplePCA

//设置package包名称以及导入依赖的类
package org.broadinstitute.hail.methods

import org.apache.spark.mllib.linalg.{Matrix, DenseMatrix}
import org.apache.spark.rdd.RDD
import org.broadinstitute.hail.variant.Variant
import org.broadinstitute.hail.variant.VariantDataset

class SamplePCA(k: Int, computeLoadings: Boolean, computeEigenvalues: Boolean) {
  def name = "SamplePCA"

  def apply(vds: VariantDataset): (Matrix, Option[RDD[(Variant, Array[Double])]], Option[Array[Double]])  = {

    val (variants, mat) = ToStandardizedIndexedRowMatrix(vds)
    val sc = vds.sparkContext
    val variantsBc = sc.broadcast(variants)

    val svd = mat.computeSVD(k, computeU = computeLoadings)

    val scores =
      svd.V.multiply(DenseMatrix.diag(svd.s))

    val loadings =
      if (computeLoadings)
        Some(svd.U.rows.map(ir =>
          (variantsBc.value(ir.index.toInt), ir.vector.toArray)))
      else
        None

    val eigenvalues =
      if (computeEigenvalues)
        Some(svd.s.toArray.map(x => x * x))
      else
        None

    (scores, loadings, eigenvalues)
  }
}

开发者ID:Sun-shan，项目名称:Hail_V2，代码行数:38，代码来源:SamplePCA.scala

注：本文中的org.apache.spark.mllib.linalg.DenseMatrix类示例整理自Github/MSDocs等源码及文档管理平台，相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目，源码版权归原作者所有，传播和使用请参考对应项目的License；未经允许，请勿转载。