Python molecule_matcher.MoleculeMatcher类代码示例

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本文整理汇总了Python中pymatgen.analysis.molecule_matcher.MoleculeMatcher类的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python MoleculeMatcher类的具体用法？Python MoleculeMatcher怎么用？Python MoleculeMatcher使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的类代码示例或许可以为您提供帮助。

在下文中一共展示了MoleculeMatcher类的9个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于我们的系统推荐出更棒的Python代码示例。

示例1: test_to_and_from_dict

    def test_to_and_from_dict(self):
        mm = MoleculeMatcher(tolerance=0.5, mapper=InchiMolAtomMapper(angle_tolerance=50.0))
        d = mm.to_dict
        mm2 = MoleculeMatcher.from_dict(d)
        self.assertEqual(d, mm2.to_dict)

        mm = MoleculeMatcher(tolerance=0.5, mapper=IsomorphismMolAtomMapper())
        d = mm.to_dict
        mm2 = MoleculeMatcher.from_dict(d)
        self.assertEqual(d, mm2.to_dict)

开发者ID:isayev，项目名称:pymatgen，代码行数:10，代码来源:test_molecule_matcher.py

示例2: test_group_molecules

 def test_group_molecules(self):
     mm = MoleculeMatcher(tolerance=0.001)
     with open(os.path.join(test_dir, "mol_list.txt")) as f:
         filename_list = [line.strip() for line in f.readlines()]
     mol_list = [Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, f))
                 for f in filename_list]
     mol_groups = mm.group_molecules(mol_list)
     filename_groups = [[filename_list[mol_list.index(m)] for m in g]
                        for g in mol_groups]
     with open(os.path.join(test_dir, "grouped_mol_list.txt")) as f:
         grouped_text = f.read().strip()
     self.assertEqual(str(filename_groups), grouped_text)

开发者ID:AtlasL，项目名称:pymatgen，代码行数:12，代码来源:test_molecule_matcher.py

示例3: fit_with_mapper

    def fit_with_mapper(self, mapper):
        coords = [[0.000000, 0.000000, 0.000000],
                  [0.000000, 0.000000, 1.089000],
                  [1.026719, 0.000000, -0.363000],
                  [-0.513360, -0.889165, -0.363000],
                  [-0.513360, 0.889165, -0.363000]]
        mol1 = Molecule(["C", "H", "H", "H", "H"], coords)
        op = SymmOp.from_origin_axis_angle([0, 0, 0], [0.1, 0.2, 0.3], 60)
        rotcoords = [op.operate(c) for c in coords]
        mol2 = Molecule(["C", "H", "H", "H", "H"], rotcoords)
        mm = MoleculeMatcher(mapper=mapper)
        self.assertTrue(mm.fit(mol1, mol2))

        mol1 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "benzene1.xyz"))
        mol2 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "benzene2.xyz"))
        self.assertTrue(mm.fit(mol1, mol2))

        mol1 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "benzene1.xyz"))
        mol2 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "t2.xyz"))
        self.assertFalse(mm.fit(mol1, mol2))

        mol1 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "c1.xyz"))
        mol2 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "c2.xyz"))
        self.assertTrue(mm.fit(mol1, mol2))

        mol1 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "t3.xyz"))
        mol2 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "t4.xyz"))
        self.assertTrue(mm.fit(mol1, mol2))

        mol1 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "j1.xyz"))
        mol2 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "j2.xyz"))
        self.assertTrue(mm.fit(mol1, mol2))

        mol1 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "ethene1.xyz"))
        mol2 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "ethene2.xyz"))
        self.assertTrue(mm.fit(mol1, mol2))

        mol1 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "toluene1.xyz"))
        mol2 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "toluene2.xyz"))
        self.assertTrue(mm.fit(mol1, mol2))

        mol1 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "cyclohexane1.xyz"))
        mol2 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "cyclohexane2.xyz"))
        self.assertTrue(mm.fit(mol1, mol2))

        mol1 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "oxygen1.xyz"))
        mol2 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "oxygen2.xyz"))
        self.assertTrue(mm.fit(mol1, mol2))

        mm = MoleculeMatcher(tolerance=0.001, mapper=mapper)
        mol1 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "t3.xyz"))
        mol2 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "t4.xyz"))
        self.assertFalse(mm.fit(mol1, mol2))

开发者ID:AtlasL，项目名称:pymatgen，代码行数:53，代码来源:test_molecule_matcher.py

示例4: test_get_rmsd

 def test_get_rmsd(self):
     mm = MoleculeMatcher()
     mol1 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "t3.xyz"))
     mol2 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "t4.xyz"))
     self.assertEqual('{0:7.3}'.format(mm.get_rmsd(mol1, mol2)), "0.00488")

开发者ID:AtlasL，项目名称:pymatgen，代码行数:5，代码来源:test_molecule_matcher.py

示例5: test_cdi_23

 def test_cdi_23(self):
     mm = MoleculeMatcher(tolerance=0.05, mapper=InchiMolAtomMapper())
     mol1 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "cdi_23_1.xyz"))
     mol2 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "cdi_23_2.xyz"))
     self.assertFalse(mm.fit(mol1, mol2))

开发者ID:AtlasL，项目名称:pymatgen，代码行数:5，代码来源:test_molecule_matcher.py

示例6: test_thiane_ethynyl

 def test_thiane_ethynyl(self):
     mm = MoleculeMatcher(tolerance=0.05, mapper=InchiMolAtomMapper())
     mol1 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "thiane_ethynyl1.sdf"))
     mol2 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "thiane_ethynyl2.sdf"))
     self.assertFalse(mm.fit(mol1, mol2))

开发者ID:AtlasL，项目名称:pymatgen，代码行数:5，代码来源:test_molecule_matcher.py

示例7: test_strange_inchi

 def test_strange_inchi(self):
     mm = MoleculeMatcher(tolerance=0.05, mapper=InchiMolAtomMapper())
     mol1 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "k1.sdf"))
     mol2 = Molecule.from_file(os.path.join(test_dir, "k2.sdf"))
     self.assertTrue(mm.fit(mol1, mol2))

开发者ID:AtlasL，项目名称:pymatgen，代码行数:5，代码来源:test_molecule_matcher.py

示例8: test_get_rmsd

 def test_get_rmsd(self):
     mm = MoleculeMatcher()
     mol1 = BabelMolAdaptor.from_file(os.path.join(test_dir, "t3.xyz")).pymatgen_mol
     mol2 = BabelMolAdaptor.from_file(os.path.join(test_dir, "t4.xyz")).pymatgen_mol
     self.assertEqual('{0:7.3}'.format(mm.get_rmsd(mol1, mol2)), "0.00488")

开发者ID:isayev，项目名称:pymatgen，代码行数:5，代码来源:test_molecule_matcher.py

示例9: test_thiane

 def test_thiane(self):
     mm = MoleculeMatcher(tolerance=0.05, mapper=InchiMolAtomMapper())
     mol1 = read_mol(os.path.join(test_dir, "thiane1.sdf"))
     mol2 = read_mol(os.path.join(test_dir, "thiane2.sdf"))
     self.assertFalse(mm.fit(mol1, mol2))

开发者ID:bcbwilla，项目名称:pymatgen，代码行数:5，代码来源:test_molecule_matcher.py

注：本文中的pymatgen.analysis.molecule_matcher.MoleculeMatcher类示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等源码及文档管理平台，相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目，源码版权归原作者所有，传播和使用请参考对应项目的License；未经允许，请勿转载。

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