Python utils.load_neuron函数代码示例

OStack程序员社区-中国程序员成长平台 › 门户 › 编程› Python›Python编程经验

原作者: [db:作者] 来自: [db:来源] 收藏邀请

本文整理汇总了Python中neurom.io.utils.load_neuron函数的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python load_neuron函数的具体用法？Python load_neuron怎么用？Python load_neuron使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的函数代码示例或许可以为您提供帮助。

在下文中一共展示了load_neuron函数的20个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于我们的系统推荐出更棒的Python代码示例。

示例1: test_load_neuron_mixed_tree_swc

def test_load_neuron_mixed_tree_swc():
    nrn_mix =  utils.load_neuron(os.path.join(SWC_ORD_PATH, 'sample_mixed_tree_sections.swc'))
    nt.assert_items_equal(get('number_of_sections_per_neurite', nrn_mix), [5, 3])

    nt.assert_items_equal(get('number_of_sections_per_neurite', nrn_mix),
                          get('number_of_sections_per_neurite', SWC_ORD_REF))

    nt.assert_items_equal(get('number_of_segments', nrn_mix),
                          get('number_of_segments', SWC_ORD_REF))

    nt.assert_items_equal(get('total_length', nrn_mix),
                          get('total_length', SWC_ORD_REF))

开发者ID:eleftherioszisis，项目名称:NeuroM，代码行数:12，代码来源:test_utils.py

示例2: test_load_neuron_section_order_break_swc

def test_load_neuron_section_order_break_swc():
    nrn_mix =  utils.load_neuron(os.path.join(SWC_ORD_PATH, 'sample_disordered.swc'))

    assert_items_equal(get('number_of_sections_per_neurite', nrn_mix), [5, 3])

    assert_items_equal(get('number_of_sections_per_neurite', nrn_mix),
                       get('number_of_sections_per_neurite', SWC_ORD_REF))

    assert_items_equal(get('number_of_segments', nrn_mix),
                       get('number_of_segments', SWC_ORD_REF))

    assert_items_equal(get('total_length', nrn_mix),
                       get('total_length', SWC_ORD_REF))

开发者ID:jdcourcol，项目名称:NeuroM，代码行数:13，代码来源:test_utils.py

示例3: test_load_h5_trunk_points_regression

def test_load_h5_trunk_points_regression():
    # regression test for issue encoutnered wile
    # implementing PR #479, related to H5 unpacking
    # of files with non-standard soma structure.
    # See #480.
    nrn = utils.load_neuron(os.path.join(DATA_PATH, 'h5', 'v1', 'Neuron.h5'))
    nt.ok_(np.allclose(nrn.neurites[0].root_node.points[1],
                       [0., 0. , 0.1, 0.31646374, 4., 4., 3.]))

    nt.ok_(np.allclose(nrn.neurites[1].root_node.points[1],
                       [0., 0., 0.1, 1.84130445e-01, 3.0, 235., 234.]))

    nt.ok_(np.allclose(nrn.neurites[2].root_node.points[1],
                       [0., 0., 0.1, 5.62225521e-01, 3., 466, 465]))

    nt.ok_(np.allclose(nrn.neurites[3].root_node.points[1],
                       [0., 0., 0.1, 7.28555262e-01, 2., 697, 696]))

开发者ID:eleftherioszisis，项目名称:NeuroM，代码行数:17，代码来源:test_utils.py

示例4: test_load_trees_good_neuron

def test_load_trees_good_neuron():
    '''Check trees in good neuron are the same as trees from loaded neuron'''
    filepath = os.path.join(SWC_PATH, 'Neuron.swc')
    nrn = utils.load_neuron(filepath)
    trees = utils.load_trees(filepath)
    nt.eq_(len(nrn.neurites), 4)
    nt.eq_(len(nrn.neurites), len(trees))

    nrn2 = MockNeuron(trees)

    @pts.point_function(as_tree=False)
    def elem(point):
        return point

    # Check data are the same in tree collection and neuron's neurites
    for a, b in izip(iter_neurites(nrn, elem), iter_neurites(nrn2, elem)):
        nt.ok_(np.all(a == b))

开发者ID:guozanhua，项目名称:NeuroM，代码行数:17，代码来源:test_utils.py

示例5: test_load_neuron_deep_neuron

def test_load_neuron_deep_neuron():
    '''make sure that neurons with deep (ie: larger than the python
       recursion limit can be loaded)
    '''
    deep_neuron = os.path.join(DATA_PATH, 'h5/v1/deep_neuron.h5')
    utils.load_neuron(deep_neuron)

开发者ID:guozanhua，项目名称:NeuroM，代码行数:6，代码来源:test_utils.py

示例6: test_load_neuron

def test_load_neuron():
    nrn = utils.load_neuron(FILES[0])
    nt.ok_(nrn.name == FILES[0].strip('.swc').split('/')[-1])

开发者ID:guozanhua，项目名称:NeuroM，代码行数:3，代码来源:test_utils.py

示例7: _load_neuron

def _load_neuron(name):
    if name.endswith('.swc'):
        path = os.path.join(SWC_PATH, name)
    elif name.endswith('.h5'):
        path = os.path.join(H5V1_PATH, name)
    return name, load_neuron(path)

开发者ID:Tsolmongerel，项目名称:NeuroM，代码行数:6，代码来源:test_morphology.py

示例8: test_load_neuron_invalid_id_sequence_raises

def test_load_neuron_invalid_id_sequence_raises():
    utils.load_neuron(INVALID_ID_SEQUENCE_FILE);

开发者ID:guozanhua，项目名称:NeuroM，代码行数:2，代码来源:test_utils.py

示例9: test_load_neuron_missing_parents_raises

def test_load_neuron_missing_parents_raises():
    utils.load_neuron(MISSING_PARENTS_FILE)

开发者ID:guozanhua，项目名称:NeuroM，代码行数:2，代码来源:test_utils.py

示例10: test_load_bifurcating_soma_points_raises_SomaError

def test_load_bifurcating_soma_points_raises_SomaError():
    utils.load_neuron(os.path.join(SWC_PATH, 'soma', 'bifurcating_soma.swc'))

开发者ID:eleftherioszisis，项目名称:NeuroM，代码行数:2，代码来源:test_utils.py

示例11: test_load_neuromorpho_3pt_soma

def test_load_neuromorpho_3pt_soma():
    nrn = utils.load_neuron(os.path.join(SWC_PATH, 'soma', 'three_pt_soma.swc'))
    nt.eq_(len(nrn.neurites), 4)
    nt.eq_(len(nrn.soma.points), 3)
    nt.eq_(nrn.soma.radius, 2)
    _check_neurites_have_no_parent(nrn)

开发者ID:eleftherioszisis，项目名称:NeuroM，代码行数:6，代码来源:test_utils.py

示例12: test_load_contour_split_1st_soma_neuron

def test_load_contour_split_1st_soma_neuron():
    nrn = utils.load_neuron(os.path.join(SWC_PATH, 'soma', 'contour_split_1st_soma_neuron.swc'))
    nt.eq_(len(nrn.neurites), 3)
    nt.eq_(len(nrn.soma.points), 6)
    nt.eq_(nrn.soma.radius, 2.0)
    _check_neurites_have_no_parent(nrn)

开发者ID:eleftherioszisis，项目名称:NeuroM，代码行数:6，代码来源:test_utils.py

示例13: test_neuron_name

def test_neuron_name():

    for fn, nn in zip(FILENAMES, NRN_NAMES):
        nrn = utils.load_neuron(fn)
        nt.eq_(nrn.name, nn)

开发者ID:eleftherioszisis，项目名称:NeuroM，代码行数:5，代码来源:test_utils.py

示例14: test_load_neuron

def test_load_neuron():

    nrn = utils.load_neuron(FILENAMES[0])
    nt.assert_true(isinstance(NRN, Neuron))
    nt.assert_equal(NRN.name, 'Neuron')
    _check_neurites_have_no_parent(nrn)

开发者ID:eleftherioszisis，项目名称:NeuroM，代码行数:6，代码来源:test_utils.py

示例15: test_load_neuron_no_consecutive_ids_raises_NonConsecutiveIDsError

def test_load_neuron_no_consecutive_ids_raises_NonConsecutiveIDsError():
    utils.load_neuron(NON_CONSECUTIVE_ID_FILE);

开发者ID:wvangeit，项目名称:NeuroM，代码行数:2，代码来源:test_utils.py

示例16: test_load_neuron_disconnected_points_raises

def test_load_neuron_disconnected_points_raises():
    utils.load_neuron(DISCONNECTED_POINTS_FILE)

开发者ID:guozanhua，项目名称:NeuroM，代码行数:2，代码来源:test_utils.py

示例17: test_load_neuron_soma_only

def test_load_neuron_soma_only():

    nrn = utils.load_neuron(os.path.join(DATA_PATH, 'swc', 'Soma_origin.swc'))
    nt.eq_(len(nrn.neurites), 0)
    nt.assert_equal(nrn.name, 'Soma_origin')

开发者ID:eleftherioszisis，项目名称:NeuroM，代码行数:5，代码来源:test_utils.py

示例18: test_load_neuron_no_soma_raises_SomaError

def test_load_neuron_no_soma_raises_SomaError():
    utils.load_neuron(NO_SOMA_FILE)

开发者ID:guozanhua，项目名称:NeuroM，代码行数:2，代码来源:test_utils.py

示例19: test_load_neuron_mixed_tree_h5

def test_load_neuron_mixed_tree_h5():
    nrn_mix =  utils.load_neuron(os.path.join(H5_PATH, 'sample_mixed_tree_sections.h5'))
    nt.assert_items_equal(get('number_of_sections_per_neurite', nrn_mix), [5, 3])
    nt.assert_items_equal(get('number_of_sections_per_neurite', nrn_mix),
                          get('number_of_sections_per_neurite', H5_ORD_REF))

开发者ID:eleftherioszisis，项目名称:NeuroM，代码行数:5，代码来源:test_utils.py

示例20: test_load_neuron_no_consecutive_ids_loads

def test_load_neuron_no_consecutive_ids_loads():
    utils.load_neuron(NON_CONSECUTIVE_ID_FILE);

开发者ID:guozanhua，项目名称:NeuroM，代码行数:2，代码来源:test_utils.py

注：本文中的neurom.io.utils.load_neuron函数示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等源码及文档管理平台，相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目，源码版权归原作者所有，传播和使用请参考对应项目的License；未经允许，请勿转载。

鲜花

握手

雷人

路过

鸡蛋

该文章已有0人参与评论

请发表评论

全部评论

专题导读

More+

10-27 六六分期app的软件客服如何联系？(六六分期

11-06 可心卡盟:win10系统火狐flash插件崩溃怎么

11-06 亲亲特价:怎么删除回收站图标

11-06 济南大学虚拟社区:鲁大师节能降温的具体办

11-06 xlueops.exe:无线网络安装向导

11-06 女斗合众国:win7系统cf与主机连接不稳定怎

11-06 0xc000022-[cf烟雾头]cf怎么调烟雾头

11-06 qizideyouhuo:应用程序无法正常启动0xc0000

11-06 ipz-185:win7系统vcf文件怎么打开

11-06 傻哥蹦迪:win10系统s4怎么打开usb调试

11-06 八神浩树gtaste:回收站清空了怎么恢复

11-06 妖尾之黑色守护:win10系统电脑没有1440x900

11-06 校园至尊魔王小说:win7系统浏览网页时字体

11-06 女斗合众国:win10系统访问共享文件夹提示请

11-06 tokyo hot n0654:恢复win7系统默认字体一招

11-06 雨酷仙境:设置win7系统转移临时文件夹腾出

11-06 阿穆纳伊之杖:win7系统开始菜单在右边还原

11-06 tunespotting:win10系统火狐flash插件总是

11-06 甘尔葛分析师：计谋网站seo关键词暴涨有什

11-06 蔡贵霖: 计谋网站seo关键词暴涨有什么秘密

11-06 博益网首页:ao3网页版进入不了解决方法

11-06 漏斗子专栏: 网站数据分析小白易懂精华篇

11-06 见证双虹怎么做:win7系统开启telnet命令的

11-06 颾狐蝶蜋:系统资源不足无法完成请求的服务

11-06 国光中学校歌:提交网站到alexa查询详细步骤

11-06 西安有情天:静态网页和动态网页的区别

11-06 红木雅尚斋:外部链接构造对网站的好处

11-06 前官礼遇：防止域名劫持–增强域安全性的10

11-06 密传二转答案: 中文分词算法有哪些

11-06 金泉家园邮编:百度快照劫持的表现及应对方

Python neuron.h函数代码示例发布时间：2022-05-27

Python fst.fst_get函数代码示例发布时间：2022-05-27

Python util.grid_equal函数代码示例

1 Python 入门教程

Python入门教程 Python 是一种解释型、面向对象、动态数据类型的高级程序设计语言。 P

阅读：13936|2022-01-22

2 Python wikiutil.getFrontPage函数代码示例

Python wikiutil.getFrontPage函数代码示例

阅读：10292|2022-05-24

3 Python 简介

Python 简介 Python 是一个高层次的结合了解释性、编译性、互动性和面向对象的脚本

阅读：4174|2022-01-22

4 Python tests.group函数代码示例

Python tests.group函数代码示例

阅读：4064|2022-05-27

5 Python util.check_if_user_has_permission

Python util.check_if_user_has_permission函数代码示例

阅读：3889|2022-05-27

6 Python 操练实例98

Python 练习实例98 Python 100例题目：从键盘输入一个字符串，将小写字母全部转换成大

阅读：3539|2022-01-22

7 Python 环境搭建

Python 环境搭建本章节我们将向大家介绍如何在本地搭建 Python 开发环境。 Py

阅读：3069|2022-01-22

8 Python 基础语法

Python 基础语法 Python 语言与 Perl，C 和 Java 等语言有许多相似之处。但是，也

阅读：2727|2022-01-22

9 Python output.darkgreen函数代码示例

Python output.darkgreen函数代码示例

阅读：2682|2022-05-25

10 Python 中文编码

Python 中文编码前面章节中我们已经学会了如何用 Python 输出 Hello, World!，英文没

阅读：2347|2022-01-22

客服电话

电子邮件

Python utils.load_neuron函数代码示例

示例1: test_load_neuron_mixed_tree_swc

示例2: test_load_neuron_section_order_break_swc

示例3: test_load_h5_trunk_points_regression

示例4: test_load_trees_good_neuron

示例5: test_load_neuron_deep_neuron

示例6: test_load_neuron

示例7: _load_neuron

示例8: test_load_neuron_invalid_id_sequence_raises

示例9: test_load_neuron_missing_parents_raises

示例10: test_load_bifurcating_soma_points_raises_SomaError

示例11: test_load_neuromorpho_3pt_soma

示例12: test_load_contour_split_1st_soma_neuron

示例13: test_neuron_name

示例14: test_load_neuron

示例15: test_load_neuron_no_consecutive_ids_raises_NonConsecutiveIDsError

示例16: test_load_neuron_disconnected_points_raises

示例17: test_load_neuron_soma_only

示例18: test_load_neuron_no_soma_raises_SomaError

示例19: test_load_neuron_mixed_tree_h5

示例20: test_load_neuron_no_consecutive_ids_loads

请发表评论

全部评论

上一篇：

下一篇：

Python util.grid_equal函数代码示例

Python util.get_worker_name函数代码示例

Python util.get_webmention_target函数代

Python util.get_uuid函数代码示例

Python util.get_type_by_name函数代码示例

Python util.grid_equal函数代码示例

Python util.get_worker_name函数代码示例

Python util.get_webmention_target函数代

Python util.get_uuid函数代码示例

Python util.get_type_by_name函数代码示例

Python util.get_stdout函数代码示例

关于我们

产品与服务

解决方案

139-2527-9053