在PHP中调用外部命令，可以用如下三种方法来实现：

方法一：用PHP提供的专门函数（四个）：
PHP提供4个专门的执行外部命令的函数：exec(), system(), passthru(), shell_exec()
1）exec()
原型: string exec ( string $command [, array &$output [, int &$return_var ]] ) 
说明: exec执行系统外部命令时不会输出结果，而是返回结果的最后一行。如果想得到结果，可以使用第二个参数，让其输出到指定的数组。此数组一个记录代表输出的一行。即如果输出结果有20行，则这个数组就有20条记录，所以如果需要反复输出调用不同系统外部命令的结果，最好在输出每一条系统外部命令结果时清空这个数组unset($output)，以防混乱。第三个参数用来取得命令执行的状态码，通常执行成功都是返回0。
<?php
    exec("dir",$output);
    print_r($output);
?>

2）system()
原型: string system ( string $command [, int &$return_var ] ) 
说明: system和exec的区别在于，system在执行系统外部命令时，直接将结果输出到游览器，如果执行命令成功则返回true，否则返回false。第二个参数与exec第三个参数含义一样。
<?php
system("pwd");
?>

3）passthru()
原型: void passthru ( string $command [, int &$return_var ] ) 
说明: passthru与system的区别，passthru直接将结果输出到游览器，不返回任何值，且其可以输出二进制，比如图像数据。第二个参数可选，是状态码。
<?php
header("Content-type:image/gif");
passthru("/usr/bin/ppm2tiff  /usr/share/tk8.4/demos/images/teapot.ppm");
?>

4）shell_exec()
原型: string shell_exec ( string $cmd ) 
说明: 直接执行命令$cmd
<?php
$output = shell_exec('ls -lart');
echo "<pre>$output</pre>";
?>

方法二：反撇号
原型: 反撇号`（和~在同一个键）执行系统外部命令 
说明: 在使用这种方法执行系统外部命令时，要确保shell_exec函数可用，否则是无法使用这种反撇号执行系统外部命令的。 
<?php
    echo `dir`;
?>

方法三：用popen()函数打开进程  
原型: resource popen ( string $command , string $mode ) 
说明: 能够和命令进行交互。之前介绍的方法只能简单地执行命令，却不能与命令交互。有时须向命令输入一些东西，如在增加系统用户时，要调用su来把当前用户换到root用户，而su命令必须要在命令行上输入root的密码。这种情况下，用之前提到的方法显然是不行的。 
popen( )函数打开一个进程管道来执行给定的命令，返回一个文件句柄，可以对它读和写。返回值和fopen()函数一样，返回一个文件指针。除非使用的是单一的模式打开(读or写)，否则必须使用pclose()函数关闭。该指针可以被fgets(),fgetss(),fwrite()调用。出错时，返回FALSE。
<?php
error_reporting(E_ALL);

/* Add redirection so we can get stderr. */
$handle = popen('/path/to/executable 2>&1', 'r');
echo "'$handle'; " . gettype($handle) . "\n";
$read = fread($handle, 2096);
echo $read;
pclose($handle);
?>

要考虑两个问题：安全性和超时
1）安全性
由于PHP基本是用于WEB程序开发的，所以安全性成了人们考虑的一个重要方面 。于是PHP的设计者们给PHP加了一个门：安全模式。如果运行在安全模式下，那么PHP脚本中将受 到如下四个方面的限制： 
执行外部命令
在打开文件时有些限制
连接MySQL数据库
基于HTTP的认证

在安全模式下，只有在特定目录中的外部程序才可以被执行，对其它程序的调用将被拒绝。这个目录可以在PhP.ini 文件中用safe_mode_exec_dir指令，或在编译PHP是加上--with-exec-dir选项来指定。
　当你使用这些函数来执行系统命令时，可以使用escapeshellcmd()和escapeshellarg()函数阻止用户恶意在系统上执行命令，escapeshellcmd()针对的是执行的系统命令，而escapeshellarg()针对的是执行系统命令的参数。这两个参数有点类似addslashes()的功能。 

2）超时
    当执行命令的返回结果非常庞大时，可以需要考虑将返回结果输出至其他文件，再另行读取文件，这样可以显著提高程序执行的效率。
如果要执行的命令要花费很长的时间，那么应该把这个命令放到系统的后台去运行。但在默认情况下，象system()等函数要等到这个命令运行完才返回（实际上是在等命令的输出结果），这肯定会引起PHP脚本的超时。解决的办法是把命令的输出重定向到另外一个文件或流中，如：
<?php
system("/usr/local/bin/order_proc  >  /tmp/abc "); 
?>