ClientScript.RegisterStartupScript：
http://msdn.microsoft.com/zh-cn/library/system.web.ui.clientscriptmanager.registerstartupscript(v=vs.80)

ClientScript.RegisterClientScriptBlock：
http://msdn.microsoft.com/zh-cn/library/system.web.ui.clientscriptmanager.registerclientscriptblock(v=vs.80).aspx

ASP.NET中，可以使用这两个方法从后台向前台注册JavaScript脚本；
这两个方法，各自都有两个重载的版本，个人推荐始终使用四个参数的版本，本文基于四个参数的版本：

public void RegisterStartupScript(Type type, string key, string script, bool addScriptTags);
public void RegisterClientScriptBlock(Type type, string key, string script, bool addScriptTags);

如果addScriptTags==true，那么script会被包含在<script></script>元素块中；
如果addScriptTags==false，此时这两个方法相当于三个参数的版本，<script></script>元素块需自己写；
另外，如果想通过注册脚本的方式，在页面上输出html元素（如<h1>标题</h1>），可以把addScriptTags设置为false，在script中写html元素，例如：

ClientScript.RegisterClientScriptBlock(Page.GetType(), "write", "<h1>标题一</h1>", false);

当然了，不推荐这种做法了，因为太不灵活了，RegisterClientScriptBlock写的html元素只能在页面的顶部，RegisterStartupScript写的html元素只能在页面的底部；比较灵活的做法是，使用JavaScript操作DOM元素。
好了，来说说RegisterClientScriptBlock和RegisterStartupScript的不同点吧：

1. RegisterClientScriptBlock注册的脚本在<form>元素的后面，而RegisterStartupScript注册的脚本在</form>元素的前面：

protected void Page_Load(object sender, EventArgs e)
{
    if (!IsPostBack)
    {
        ClientScript.RegisterClientScriptBlock(Page.GetType(), "", "alert('RegisterClientScriptBlock');", true);
        ClientScript.RegisterStartupScript(Page.GetType(), "", "alert('RegisterStartupScript');", true);
    }
}

生成的html：

<form method="post" action="Default.aspx" >
<div class="aspNetHidden">
<input type="hidden" name="__VIEWSTATE"  />
</div>
 
<script type="text/javascript"> 
//<![CDATA[
alert('RegisterClientScriptBlock');//]]>
</script>
 
    <div>
    </div>
 
<script type="text/javascript"> 
//<![CDATA[
alert('RegisterStartupScript');//]]>
</script>
</form>

生成的html源代码清楚的展现了注册的脚本在页面上的位置；
说明：生成的html源代码中，紧跟在<form>后，在RegisterClientScriptBlock注册的脚本前的内容（可能还有其他的），是ASP.NET为了实现自身功能所必须的由系统自动生成的，如果撇开这些内容，可以认为RegisterClientScriptBlock生成的脚本是紧跟在<form>元素后的。

2. 因为RegisterClientScriptBlock与RegisterStartupScript注册的脚本的位置不同，导致两者使用的场合也有所不同：
   1> RegisterClientScriptBlock注册的脚本是在DOM元素未完全加载前执行的，这就导致了，它无法访问页面中几乎所有的html元素；所以RegisterClientScriptBlock适合写JavaScript函数、警告（在用户点击“确定”之前，页面为空白）；
   2> RegisterStartupScript注册的脚本也是在DOM元素未完全加载前执行的，可是与RegisterClientScriptBlock不同的是，页面上的大部分DOM元素它都可以访问；所以RegisterStartupScript不太适合写JavaScript函数，可能调用它写的函数的时候，函数还没加载到页面上呢；
   RegisterStartupScript也可以用来写警告，此时，即使用户没有点击“确定”按钮，也可以看到页面的内容；
   ※ 关于RegisterStartupScript写的警告（alert），如果</form>后面有JavaScript脚本（直接硬编码在页面上的），且此脚本是控制页面呈现样式的，那么在用户点击警告框中的“确定”按钮前，页面的呈现可能会非预期；

3. 如果注册的脚本的执行依赖于页面上的元素，或为了显示出预期的效果（上面提到的用户未点击“确定”按钮，页面呈现非预期），可以结合window.onload事件，如果使用了JQuery，可以把脚本包含在：
$(document).ready(function() {
    // 这里
});

4. 最后说一下RegisterStartupScript和RegisterClientScriptBlock函数的第二个参数key吧：
在页面加载或处理请求的过程中，执行了若干次RegisterStartupScript和RegisterClientScriptBlock方法，如果没有给该函数指定key，即key=""，或key重复，因为相同key的脚本只会注册一次，重复注册的脚本会被忽略，如果出现了某些脚本未注册的情况，此时就需要检查是否出现了重复的key；RegisterStartupScript和RegisterClientScriptBlock的key可以重复，因为是不同的方法嘛！~
可以通过：

public bool IsStartupScriptRegistered(Type type, string key);
public bool IsClientScriptBlockRegistered(Type type, string key);

来检查是否注册了相应key的脚本，避免重复注册：

ClientScript.RegisterStartupScript(Page.GetType(), "alert", "alert('RegisterStartupScript');", true);
if (!ClientScript.IsStartupScriptRegistered(Page.GetType(), "alert"))
{
    ClientScript.RegisterStartupScript(Page.GetType(), "alert", "alert('RegisterStartupScript_2');", true);
}

上面的示例只是为了讲解IsStartupScriptRegistered的用法，实际使用中，没有谁会写这么小白的用法！~
如果可以保证在页面加载或处理请求的过程中，只会调用一次RegisterStartupScript和RegisterClientScriptBlock方法，可以不指定key；
例如，处理表单数据，某个字段不符合要求时，提示：

if (string.IsNullOrEmpty(txtInput.Value.Trim()))
{
    ClientScript.RegisterStartupScript(Page.GetType(), "", "alert('不可以为空！');", true);
    return;
}