添加安装部署项目后，鼠标右键安装项目->视图->注册表， 要使软件在开机就运行，可以在HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run中 添加键值保存软件目录。在这里我们依次添加以上的项，然后在Run中添加键值，键名可以自己起，value要填软件的物理路径。物理路径是客户在部署确定 的，我们如何获取呢？这里我们可以使用[TARGETDIR]获取客户选择的路径，在加上软件的启动文件名称。比如软件启动文件的名称是 Client.exe,那么Value的值就为：[TARGETDIR]Client.exe.生成安装项目。找到bin目录下的setup.exe文件 运行，安装结束后我们可以在注册表中找到相应的键值。重启电脑系统就会自动运行我们设置的软件。

引自：http://www.cnblogs.com/whj518/archive/2009/10/28/1591026.html

方法二：

CSDN中使用VS制作安装程序的介绍很多，我这里主要是在开发winform是制作安装程序后，如何修改.config配置文件，并修改注册表 HKEY_LOCAL_MACHINE、SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run下的信息，让自己 的程序开机自动运行。

解决以上两个问题关键要作到以下几点：

1、创建安装项目后要在自己的解决方案是添加一个新的类库项目(ClassLibrary1)，并在新类库中添加一下安装程序类(Installer1)，在Installer1类中添加如下代码：

 　　　string LogicDir;//用于读取安装目标的物理路径
        protected override void OnAfterInstall(IDictionary savedState)
        {
              
            base.OnAfterInstall(savedState);
        }
        public override void Install(IDictionary stateSaver)
        {
            //string ll=Context.Parameters[]
            LogicDir = Context.Parameters["LogicDir"];//Context.Parameters["LogicDir"]; 
            base.Install(stateSaver);
        }
        protected override void OnBeforeInstall(IDictionary savedState)
        {
            base.OnBeforeInstall(savedState);
        }
        public override void Uninstall(IDictionary savedState)
        {
            base.Uninstall(savedState);
        }
        public override void Rollback(IDictionary savedState)
        {
            base.Rollback(savedState);
        }

2、在库类项目ClassLibrary1是添加一个window窗体form1，用于完成自定义的安装配置。

     窗体界面自己设计；

　　如添加三个TextBox

     txtServerName服务器名称

　　txtSQLUserName  SQL用户名称

     txtSQLUserPassword SQL用户口令

     添加一个Button

　　给Form1添加字段 string filePath;

  　重载Form1的构造函数

     public Form1(string filepath)

        {
            filePath = filepath;
            InitializeComponent();
        }

Button1的单击事件代码如下：

 private void btSave_Click(object sender, EventArgs e)
        {
            
               Configuration config = ConfigurationManager.OpenExeConfiguration(filePath + @"\MySchool.exe");
           //配置MySchool.exe.config文件。

            if (config.ConnectionStrings.ConnectionStrings["MySchoolConnectionString"] != null)
            {
                config.ConnectionStrings.ConnectionStrings.Remove("MySchoolConnectionString");
                //="Data Source=.;Initial Catalog=MySchool;User ID=sa;Password=123456"
                string connString = "Data Source=" + this.txtServerName.Text.Trim();
                connString += ";Initial Catalog=MySchool;User ID=" + this.txtSQLUserName.Text.Trim();
                connString += ";Password=" + this.txtSQLUserPassword.Text.Trim();
                ConnectionStringSettings conn = new ConnectionStringSettings("MySchoolConnectionString"
                    , connString, "System.Data.SqlClient");
                config.ConnectionStrings.ConnectionStrings.Add(conn);
                config.Save();
               //此处开开始添加开机自动运行的键值，注意要using Microsoft.Win32;
                RegistryKey hklm = Registry.LocalMachine;
                RegistryKey shoftwer = hklm.OpenSubKey(@"SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run",true);
               // RegistryKey ksxt = shoftwer.CreateSubKey("ksxt");
                shoftwer.SetValue("ksxt", filePath + @"\MySchool.exe");
                Application.Exit();
            }
        }

3.修改安装程序类Installer1中的OnAfterInstall方法如下：

        Form1 fm1 = new Form1(LogicDir);//实例化一个窗体，
            fm1.ShowDialog();//让新窗体显示
            base.OnAfterInstall(savedState);

4.修改安装程序类Installer1中的Install方法如下

            LogicDir = Context.Parameters["LogicDir"];//读取安装目标路径
            base.Install(stateSaver);

5.在安装项目中“自定义操作”

  右击“安装”添加自定义操作，自定义操作来源于安装项目的“应用程序文件夹”中的“主输出来自ClassLibrary1(活动)”项。

6.修改“主输出来自ClassLibrary1(活动)”的CustomActionData属性为 /LogicDir="[TARGETDIR]\"

  把Windows Installer 属性的安装目标属性[TARGETDIR]赋值给LogicDir，这样在Install方法中才能读取到安装路径。

照以上步骤生成解决方案后，即可发布自己的程序。

用以上思路也可以实现卸载输入合法口令卸载的功能。