列线图,又称诺莫图(Nomogram),它是建立在回归分析的基础上,使用多个临床指标或者生物属性,然后采用带有分数高低的线段,从而达到设置的目的:基于多个变量的值预测一定的临床结局或者某类事件发生的概率。列线图(Nomogram)可以用于多指标联合诊断或预测疾病发病或进展。 近些年来在高质量SCI临床论文中用的越来越多。列线图将回归模型转换成了可以直观的视图,让结果更容易判断,具有可读性,例如:
今天我们使用手把手操作教大家在COX回归的基础上做出这样的列线图,首先要进行R语言3.6以上版本的安装及RStudio的安装,安装过程就不详细说了,我们使用R语言自带survival包的cancer数据库为例. 首先打开RStudio
然后加载数据包,数据包都要先下好 library(survival) library(rms)
然后进行导入数据 data(package=“survival”) bc<-cancer dc<-datadist(bc) options(datadist=“dc”)
建立COX回归方程 f <- cph(Surv(time, status) ~ age + sex + ph.ecog + pat.karno +wt.loss, x=T, y=T, surv=T, data=cancer, time.inc=36)
对COX回归方程进行解析 summary(f)
绘制列线图 surv <- Survival(f) nom <- nomogram(f, fun=list(function(x) surv(36, x), function(x) surv(60, x), function(x) surv(120, x)), lp=F, funlabel=c(“3-year survival”, “5-year survival”, “10-year survival”), maxscale=10, fun.at=c(0.95, 0.9, 0.85, 0.8, 0.75, 0.7, 0.6, 0.5)) plot(nom)
内部验证 validate(f, method=“boot”, B=1000, dxy=T) rcorrcens(Surv(time, status) ~ predict(f), data = dc)
1-0.344=0.656,即为C-index 一致性检验 f3 <- cph(Surv(time, status) ~ age + sex + ph.ecog + pat.karno +wt.loss, x=T, y=T, surv=T, data=bc, time.inc=36) cal3 <- calibrate(f3, cmethod=“KM”, method=“boot”, u=36, m=220, B=1000) plot(cal3) f5 <- cph(Surv(time, status) ~age + sex + ph.ecog + pat.karno +wt.loss, x=T, y=T, surv=T, data=bc, time.inc=60) cal5 <- calibrate(f5, cmethod=“KM”, method=“boot”, u=60, m=220, B=1000) plot(cal5) f10 <- cph(Surv(time, status) ~ age + sex + ph.ecog + pat.karno +wt.loss, x=T, y=T, surv=T, data=bc, time.inc=120) cal10 <- calibrate(f10, cmethod=“KM”, method=“boot”, u=120, m=220, B=1000) plot(cal10)
根据要求一步一步验证是完全可以做出来的,还有外部验证就不详细说了,有兴趣的可以关注我的科研教程。 动动小手关注一下吧,更多精彩文章尽在零基础说科研
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