1、运行R脚本的方法：

*********在R环境下：

方法一：

点击菜单”文件-打开程序脚本“，打开chisq2.R后，再全部选中，点右键，点”运行当前行或所选代码“；

方法二：

source("chisq2.R")

但是要首先设置好文件所在路径：

比如你的文件在桌面上
先
setwd("C:/Users/qoiqpwqr/Desktop")

*********在命令行中，或Linix环境下：

方法1.在后台运行R
（1）创建file.R文件
（2）在文件首行键入：
#! /path/to/Rscript
（3）在下面的行中，键入R代码
（4）保存(记得有png(),jpeg(),...等函数的代码最后一定要有dev.off())
（5）在file.R的工作目录下，在终端中输入以下命令:
R CMD BATCH --args file.R
（6） file.R被运行了！！！

优点： R命令行下打错命令后回车，之前的所有相关命令几乎全军覆没。如果不想发生这种情况，请写一个file.R文件。

缺点：R CMD BATCH 模式是让R在系统后台运行file.R，运行时微微地卡了2s。

方法2.创建R脚本
（1）创建file.R文件
（2）在文件首行键入：
#! /usr/bin/env Rscript
（3）在下面的行中，键入R代码
（4）保存(记得有png(),jpeg(),...等函数的代码最后一定要有dev.off())
（5）在file.R的工作目录下，在终端中输入以下命令:
R CMD BATCH --args file.R

或者Rscript file.R
（6）file.R被运行了！！！

优点： 比较前者不太占用系统资源， 而且可以在终端在直接运行，这样就可以和BASH语言在一起应用了。 具体如下：
chmod 755 file.R
./file.R                  #这种方式下，把file.R改为file.sh或file ...，在Ubuntu下都能运行

方法3.在BASH脚本中插入R代码
（1）在file.sh文件中键入：
#! /bin/sh
R --slave [other option]<<EOF
# R代码
EOF
（2）在终端下运行
chmod 755    file.sh
./file.sh
（3） file.sh被运行了，包括里边的R代码

优点： R代码能插在BASH脚本中运行，它就可以在其它更加强大的脚本中运行。事实上R-python已经成了python的一个模块了。

2、获取和设定环境变量：

问题

你希望查看某个环境变量的值，或者改变其值。

解决方案

使用Sys.getenv函数查看环境变量值，使用Sys.setenv函数设定环境变量值，使用Sys.putenv函数改变环境变量的值：

> Sys.getenv("SHELL")
SHELL
"/bin/bash"
> Sys.setenv(SHELL="/bin/ksh")

或者

>Sys.putenv(SHELL="/bin/ksh")

附：（putenv函数与setenv函数的区别）

putenv() 函数并不copy环境变量数值到进程环境表，只是存放环境变量数值的指针，而setenv()函数则完全copy环境变量数值到进程环境表。

• putenv可以使用程序中已定义，且值形如"name=value"的字符串变量作为函数的实参。此时，系统将不再为该环境变量分配内存，使用的是程序中定义变量的内存，而是将该字符串的变量地址保存在环境中。因此该变量应该定义为全局变量，以防止该函数推出以后导致环境变量不可用。
  

  char *var="sex=male";
  
  putenv(var);

  
  
• putenv可以使用形如"name=value"的常量字符串作为函数的实参。此时系统需要为该变量分配内存,存储字符串"name=value"。
  

  putenv("sex=male");

  
  

setenv必须分配内存，存储字符串"name=value"；

setenv("sex","male",1);