写在前面的,软件不太强大,每次保存都需要生成rec和dark的文件,在处理是只需要一个就行了,所有网上查看了下运用批处理的命令去掉多余的文件:
解决办法:windows命令模式下CMD进入文件的目录,输入命令:del /q *rec*.csv(*rec*就是需要删除的包含rec的文件)
昨天下午搞了一个下午的数据提取,想过了用多种方法包括java,delphi等,最后还是想到用Matlab比较方便,选对工具真的很重要啊
我的数据格式:有多个csv文件,对我有用的只有B15:B270的数据,如何提取,看下面代码:
wave = csvread(\'.\dark\dark.csv\',14,0,[14,0,269,0]);%看参数,具体参数的功能参考相应的Matlab书籍 dark =csvread(\'.\dark\dark.csv\',14,1,[14,1,269,1]);%获取背景参数,当前目录的下级目录 ref = csvread(\'.\ref\ref.csv\',14,1,[14,1,269,1]);%获取参比 B = ref-dark; files = dir(\'*.csv\');%获取当前目录的文件数,注意读取的是csv文件 l = length(files); C = []; for i = 1:l filename = files(i).name;%获得文件名 A=csvread(filename,14,1,[14,1,269,1]);%读入指定列的数据,详细参数功能参考对应的代码 D = B./(A-dark);%矩阵对应的数相除 C = [C D];%矩阵列合并 end E = [wave log10(C)]; %dlmwrite(\'result.txt\',C,\'delimiter\',\'\t\');%以文本的形式输出,注意指定精确度\'precision\',\'%f32\' xlswrite(\'result.xlsx\',E,\'Sheet1\');%xls的形式输出 msgbox([\'complete! \' num2str(l) \' xls files.\']);
后来跑数据不好,分析原因是没有去三次的平均值,我是每一个位置光谱扫了三次,但是对应的化学只有一个值(一开始我的办法是三次都是取同一个化学值,但是这样的做法是不对的),所有在原有的基础上,每隔3列取一次平均值,算法如下(代码比较简单):
A = xlsread(\'result.xlsx\',\'Sheet1\',\'B3:PE258\'); [m,n]=size(A); B=[]; for i=3:3:n%第二个参数是步长 temp = A(:,i-2:i); C = mean(temp,2); B=[B C]; end xlswrite(\'mean_3.xlsx\',B,\'Sheet1\');%xls的形式输出 msgbox([\'complete! \']);
以上就提取完成了,但是化学值是必须自己手动写的,那个真叫一个辛苦,420个数据还好吗,真的还好吗?
方法是通用的,以后读取xls的文件可以对应的用xlsread和xlswrite方法来写,类似能读的文本还有txt、dat......
关于常见的光谱数据的处理,对于同一个点的三次的取平均值的matlab的算法:
B=[];%产生一个空矩阵, for i=0:14 data=zeros(396,1);%生成一个行*列为396*1的零矩阵 for j=1:3 s=strcat(num2str(i),\'-\',num2str(j),\'.txt\');%\'-\'是取得i和j之间的链接符。如果是1.2那就是\'.\'。 k=importdata(s); t=k(:,2);%如果原数据的第一列是光的波数,第二列才是吸光度,那么这里写2 data=data+t;%注意矩阵的相加 end data=data/3;%举证的除法运算,其中每个点都除以3 B=[B,data]; end
关于近红外光谱的吸光度的算法,偶然在一个java程序中看见的计算方法:
result[i] = Math.abs(Math.round(((resultQ[i] - resultDark[i]) / (double)(resultLight[i] - resultDark[i])) * 10000) / 10000.0);//此处得到的是透射率T% result[i] = -Math.log10(result[i]);//得到吸光度abs
Matlab实现曲线拟合
function string = curveFitting(a,x,y) %spfit 拟合两组数据的线性关系 %a 拟合的次数 %x x轴数据 %y y轴数据 fx=polyfit(x,y,a)%结果返回a次拟合多项式系数,从高次到低次依次存放到变量fx中; yvalue=polyval(fx,x);%求得多项式在x0处的值y0; ymean=mean(y); Rsquare=(norm(yvalue-ymean)/norm(y-ymean))^2 %求得相关系数R的平方进行输出 SC=[]; Temp=[]; for i =1:a if fx(i) > 0 if i >1 string = [\'+\',num2str(fx(i))]; else string = num2str(fx(i)); end else string = num2str(fx(i)); end Temp = [string,[\'x^\',num2str(a+1-i)]]; SC = [SC,Temp]; end if fx(a+1) > 0 lastString = [\'+\',num2str(fx(a+1))]; SC =[SC,lastString]; else SC = [SC,num2str(fx(a+1))]; end %画图程序(x,y)对应的点,x1y1对应的是带入拟合后的点 x1=x(1):0.2:x(length(x));%0.2是步长,不是特别要求 y1=polyval(fx,x1); plot(x,y,\'b*\',x1,y1,\'g\'); xlabel(strcat(\'拟合方程:y=\',SC));
Matlab批量到数据(二维荧光数据处理)
B=[];%产生一个空矩阵 for i=0:14 data=zeros(396,1);%生成一个行*列为396*1的零矩阵 for j=1:3 s=strcat(num2str(i),\'-\',num2str(j),\'.txt\');%\'-\'是取得i和j之间的链接符。如果是1.2那就是\'.\'。 k=importdata(s); t=k(:,2);%如果原数据的第一列是光的波数,第二列才是吸光度,那么这里写2 data=data+t; end data=data/3; B=[B,data]; end
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