R语言vegan包计算物种累计曲线

OStack程序员社区-中国程序员成长平台 › 门户 › 编程› R语言›R语言教程

原作者: [db:作者] 来自: [db:来源] 收藏邀请

vegan 包是进行群落数据分析最常用的R包，其中的 specaccum 函数用来计算物种的累计曲线

首先看下官方示例：

library(vegan)
data(BCI)
sp1 <- specaccum(BCI, method="random")
plot(sp1, ci.type="poly", col="blue", lwd=2, ci.lty=0, ci.col="lightblue")
boxplot(sp1, col="yellow", add=TRUE, pch="+")

出来的结果图如下：

那么这幅图表明了什么含义呢？

首先看下输入数据

> head(BCI[, 1:3])
  Abarema.macradenia Vachellia.melanoceras Acalypha.diversifolia
1                  0                     0                     0
2                  0                     0                     0
3                  0                     0                     0
4                  0                     0                     0
5                  0                     0                     0
6                  0                     0                     0

我们简单的看一下BCI这个数据，它的每一行代表了一个样本，不同样本采样的地点不同，每一列是1个物种的丰度

最终的物种累计曲线中，横坐标是样本个数，纵坐标是发现的物种个数，随着样本个数的增加，发现的物种个数也不断增加；

其实，物种累计曲线反应的就是抽样个数对物种多样性的影响；可以看到，当抽样个数较少时，发现的物种并不全面，并不能表征整个群落结构，随着抽样个数的上升，发现的物种数越来越多，也更能表征这个群落结构；

在实际分析中，什么样的情况表明我们的采样量足够了呢，主要看曲线的末端，如果曲线末端部分还呈现急剧上升的趋势，表明抽样量不足；增加样本量，还能继续发现新的物种；当曲线末端上升趋势趋于平缓时，则表明采样量足够，