pheatmap实际上是 Pretty Heatmaps 的缩写，简单地来说，一个可以傻瓜式绘制聚类热图的R包。
常用参数介绍

基础设置
main 图的名字
file 要保存图的名字
color 表示颜色，赋值渐变颜色调色板colorRampPalette属性，选择“绿，黑，红”渐变，分为100个等级,，例：color = colorRampPalette(c(“navy”, “white”, “firebrick3”))(102)
sclae 表示值均一化的方向，或者按照行或列，或者没有，值可以是"row", “column” 或者"none"
margins 表示页边空白的大小
fointsize 表示每一行的字体大小

聚类相关设置
cluster_cols 表示进行列的聚类，值可以是FALSE或TRUE
cluster_row 同上，是否进行行的聚类
treeheight_row 设置row方向的聚类树高
treeheight_col 设置col方向的聚类树高
clustering_distance_row 表示行距离度量的方法
clustering_distance_cols 同上，表示列距离度量的方法
clustering_method 表示聚类方法，值可以是hclust的任何一种，如"ward.D",“single”, “complete”（默认）, “average”, “mcquitty”, “median”, “centroid”, “ward.D2”

legend设置
legend TRUE或者FALSE，表示是否显示图例
legend_breaks 设置图例的断点，格式：vector
legend_labels legend_breaks对应的标签 例：legend_breaks = -1:4, legend_labels = c(“0”,“1e-4”, “1e-3”, “1e-2”, “1e-1”, “1”)

单元格设置
border_color 表示热图上单元格边框的颜色，如果不绘制边框，则使用NA
cellheight 表示每个单元格的高度
cellwidth 表示每个单元格的宽度
单元格中的数值显示：
display_numbers 表示是否将数值显示在热图的格子中，如果这是一个矩阵（与原始矩阵具有相同的尺寸），则显示矩阵的内容而不是原始值。
fontsize 表示热图中字体显示的大小
number_format 设置显示数值的格式，较常用的有"%.2f"（保留小数点后两位），"%.1e"（科学计数法显示，保留小数点后一位）
number_color 设置显示内容的颜色

热图分割设置
cutree_rows 基于层次聚类（使用cutree）划分行的簇数（如果未聚集行，则忽略参数）
cutree_cols 基于层次聚类（使用cutree）划分列的簇数

annotation相关设置
annotation_row 行的分组信息，需要使用相应的行名称来匹配数据和注释中的行，注意之后颜色设置会考虑离散值还是连续值，格式要求为数据框
annotation_col 同上，列的分组信息
annotation_colors 用于手动指定annotation_row和annotation_col track颜色的列表。
annotation_names_row boolean值，显示是否应绘制行注释track的名称。
annotation_names_col 同上，显示是否应绘制列注释track的名称。
使用
安装

install.packages(“pheatmap”) #安装pheatmap包
library(pheatmap) #加载pheatmap包
?pheatmap #查看pheatmap包里面的详细介绍
?pheatmap::pheatmap #查看pheatmap包里pheatmap函数的具体参数

原文链接：
https://blog.csdn.net/lalaxumelala/article/details/86022722