1. 数据文件

2. Rscript

##批量读取数据
file <- list.files(pattern="mating.index.data") 

##循环处理
merge.data <- list()
n = length(file)
for (f in 1:n){
  hal.tree<-read.tree("../hal_Mating.tree")
  OR.index<-read.table(file[f],header=T)
  x<-OR.index$Mating_system
  y<-OR.index$orNum
  x_set<-setNames(x,OR.index$spe)# 分组
  y_set<-setNames(y,OR.index$spe)# 连续值
  pt<-phylANOVA(hal.tree, x_set, y_set)[["Pt"]]
  merge.data[[file[f]]]=pt
}

3. 输出的结果