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perl语法速查|模块安装

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perl -MCPAN -e shell

install Bio::SeqIO

或者直接perl -MCPAN -e 'install Excel::Writer::XLSX'

用cpan装不上，编译有问题，尝试用conda，成功安装。

conda install -c bioconda perl-bioperl

然后还需要导出perllib，让perl能找到指定的pm包。

同时学perl、python和shell脚本会很容易将它们的语法搞混，本文主要是一个个人的总结，方便要用时的查询。

perl基本语法、安装、帮助文档

文件头格式：

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

运行perl脚本:

#调用perl程序
perl test.pl
#可执行脚本
chmod 755 test.pl
./test.pl

基本读写：

#键盘输入
$a = <STDIN>;
chomp($a);
print $a;

#文件输入
open(IN, "<test.txt") or die "Cannot open file:$!\n";
open(OUT, ">test.txt") or die "Cannot open file:$!\n";
while(<IN>){
    chomp;
    print OUT "1. $_";
    last;
};
close(IN);
close(OUT);

基本控制流:

if( ){

}elsif( ){

}else{

}

print "Hello!" if (1 == 1);  #简写

while( ){
    $count++;
}

for($i; $i <= 10; $i++){

}

foreach (@array){
    print $_;
}

last;   #break
next;   #continue

数据结构：标量变量（$），列表（），数组（@），哈希（%），文件句柄（<>）

语法结构：语句以分号（；）结束，代码块使用花括号{}划分，动态语言不必指明变量类型

单双引号：单引号q（），所有原样输出；双引号qq（），允许插入变量

语法惯例：perl中很多地方括号（）是可有可无的，特别是内置函数，如print、split等；可以使用递增递减运算符

安装：Windows装Active版本，（perl -v）检查；linux装，

$ tar -zxvf stable.tar.gz -C dir
$ sh Configure   # 配置
$ make   # 安装
$ make test  #测试是否make成功
$ make install

帮助文档:perldoc命令

perldoc  #会提示用法
perldoc perl  #会显示详细用法
perldoc perlfunc  #三大模块
perldoc perlop
perldoc perlfaq

建议使用浏览器查看本地的HTML文档:

file:///D:/Program%20Files/Perl64/html/index.html

查找索引

正则表达式（/ /、$1、=~、！~）；模式替换（=~ s/ /）；模式匹配规则；修饰符i和全局匹配g；grep函数（搜索数组）

键盘输入（<STDIN>, chomp）；

函数（split、length、join、map、grep）

作用域（my、our、local）

perl版本更新与多版本安装

特殊变量

$_：默认参数，就是当前的默认操作参数，在读文件<FILE>、迭代for （@array）、split / /、print中非常重要

$!：标准错误输出，一般只与or die语句连用

$1：正则表达式模式中第一个括号内的变量，如（.*）、（string），以此类推

@_：sub函数传递的参数数组，

字符串运算符

连接字符串:并置运算符（.）

转义：反斜杠\

区分标量和字符串：{}显示指定变量名，如${name}space

重复运算符（x），如“-”x 10

数组、哈希

列表：列表是常量，由圆括号（）创建，中间用逗号隔开

# 范围运算符
@a = (1..10)
@b = (1..10, 21..30)
@list=(aa..zz);

创建数组：用列表（）创建数组

引用数组：用方括号[ ]下标引用数组

创建哈希：用列表（）创建哈希，为了好看，键值对以=>形式组织；也可以单个创建

引用哈希：用花括号{}引用哈希

数组操作

@name = (1..10);
@b = @name[2,4,6];
print "my name is ";
print "$#b";

（数值/字符串）比较

数字比较：（==、>、<、>=、<=、!=）

字符串比较：（eq、gt、lt、ge、le、ne）

print用法

print：可以直接接变量$var、@array、%hash，输出的就是不带空格回车，将所有元素连在一起，数组一坨，哈希一坨，其中哈希顺序是乱的。

print：可以带双引号，数组之间有空格，可以分辨了；哈希失效了，没有内容，就显示出%hash。

print：输出到文件时，文件句柄在前，中间是空格（不能是逗号），后面是输出内容

q（）、qq（）、qw（）、qx{}

q（）：用单引号将内容括起来

qq（）：用双引号将内容括起来

qw（）：用单引号将空格隔开的序列组装成数组，会屏蔽里面的标量

# 两者等价，最好不要有内嵌变量
@a = qw(abc def ghi)  
@b = ('abc','def','ghi')

qx{ }：捕获命令输出

$directory = `dir`;
$directory_2 = qx{dir};

正则表达式、模式、替换、匹配规则、grep函数（完）

元字符（简单元字符、转义字符、通配符、字符类、分组和选择、位置通配符）

替换（s/ / /）

修饰符 i 和全局匹配 g

用于识别输入流中的特定模式，一般是（/ /），m可以省略，$_是默认匹配对象，指定匹配对象用（=~），$1用于取出第一个括号内匹配

#模式里可以有标量变量
$name = "lizhixin";
$surname = "li";
print "yes, $1" if $name =~ /($surname)/;

模式匹配用途有二：1.条件判断，用在if语句里；2.取出匹配上的模式，$1，对其进行操作。

默认正则表达式是返回真假，可用于条件判断；
如果加入括号（），就可以用$1、$2…访问相应模式，将（）（）（）等赋值给数组；或者用/ /g赋值给数组，选出所有模式种类

模式匹配规则：

从左向右依次匹配
找到一个匹配项就返回真
尽可能多的寻找能够匹配的字符（不代表会全部输出，除非像下面一样指定，默认是输出第一个匹配上的）

#//g能够输出所有的匹配项
$name = "lizhiixiii";
@result = $name =~ /(i+)/g;
print "@result";

# i ii iii

圆点（.）：匹配除换行符外的所有单个字符；通常是（*.）连用，匹配所有；（.与其前面的字符无关，可出现在任意位置）

$a="lizhiiiixin";
print "$1" if $a =~ /(i.x)/; # iix

（+）：前面的字符要+（1~N次）（不能没有i，一个i是底线）（必须存在前面的字符）

$a="lizhiiiixin";
print "$1" if $a =~ /(i+x)/; # iiiix

（*）：前面的字符要存在0次或多次（可以没有前面的i）（必须存在前面的字符）

$a="lizhiiiixin";
print "$1\n" if $a =~ /(i*x)/; # iiiix
print "$1\n" if $a =~ /(l*i)/; # li

（？）：前面的字符进行0次或一次匹配（必须存在前面的字符）

$a="l1zhhiixin";
print "$1\n" if $a =~ /(hi?)/; # h

{n, m} # n:匹配的最小次数；m：匹配的最大次数

/x{5,10}/    #好理解
/x{9,}/        #最少9次
/x{0,4}/    #0次（不出现），最多9次
/x{8}/        #刚好8次

/first.*last/ #可以匹配所有字符，包括所有

匹配方括号内中的任意字符（括号内的通配符^*等会失去原有的意义）

[abcde]  #匹配其中任何一个字符
[a-e]    #同上[0-9]+   #顺序匹配一个或多个数字
[A-Za-z]{5} #匹配任何一组5个字母字符[^A-Z]   #不匹配A-Z中的任何单个字符

字符类快捷方式

\w   #一个单词字符，同[a-zA-Z0-9_]
\W   #与\w相反
\d   #一个数字，与[0-9]相同
\D   #与\d相反
\s   #一个白空间字符，同[\t\f\r\n]
\S   #与\s相反

# 使用字符类快捷方式\d\w+等
$name = "li12345 zhi xin";
print "$1\n" if $name =~ /(\d{5})/;
print "$1\n" if $name =~ /(\s\w+\s)/;

分组和选择（找任意一种模式，或）

print "yes\n" if (/dogs|cats/);
print "yes\n" if (/(fr|b|fl|cl)og/);
($one, $two) = /(.*)\sis\s(.*)/;

位置通配符

/^Help/   #只匹配Help开头的行
/^one.*two$/   #只匹配one开头和two结尾的行
/^only$/   #只匹配包含only的行
/^$/   #匹配空行
/^/    #匹配非空行

#不匹配
if($a !~ /zi/){
    print "not match.\n";
}

print "yes\n" if(m/Piglet/);  # 如果使用的是斜杠//，那么m可以省略

$_="apple is red";
($fruit, $color) = /(.*)\sis\s(.*)/;

正则匹配可能会有多种可能的匹配位点，但有时只返回一种最合适的匹配结果，请问这个结果是如何选出来的？（核心问题）

$a = "one fish, two frog, red fred, blue foul";
@F = $a =~ /(f\w\w\w)/g;

替换（返回匹配的数量）

$a = "lizhizhixin";
print "$a\n";
$a =~ s/zhi/xin/; #只替换第一个匹配到的模式
print "$a\n";

修饰符（/ /i）与多次匹配（/ /g）

$name = "LiZhixin";
print "yes, $1" if $name =~ /(^li)/i;  # yes, Li

$seq = "ATCTGCAATTTCCTA";
$numA = 0;
while ($seq =~ /T/g){
    $numA++;
}
print "$numA\n";

grep函数（搜索数组，返回匹配元素或者修改匹配元素，条件可以使正则表达式或是其他条件）

@name = qw(li zhi xin);
@result = grep(/^[^l]/, @name);
print "@result";  # zhi xin

@result = grep(s/i/o/, @name);
print "@result";  # lo zho xon

@result = grep(length($_)>2, @name);
print "@result";  # zhi xin

函数

标准函数格式：

常用内置函数

split

int(5.20);

length(“nose”);

lc(“ME TOO”);

uc(“hal 9000”);

cos(50);

rand(5)

堆栈操作函数

push（）

pop（）

shift（）：将最后一个元素移走，常用语处理函数参数

unshift（）

命令行

上下文

chomp

chomp是运算符,可以用圆括号,也可以用空格;它会改变参数变量,其返回值是1或0

$a = "lizhiixn\n";
print $a;
print "next\n";
chomp $a;
print $a;
print "next";

$b = chomp($a);  #极少这么用

perl版本更新与多版本安装

自己做服务器最好用Ubuntu，apt-get用着很方便，版本更新可以用系统自带的软件更新

Linux没有注册表，软件安装相对独立，理论上所有软件都是绿色版，只是稍微需要配置环境变量和软链接

或者安装多个版本，然後修改/usr/bin/perl的symbolic link到/usr/local/bin/perl，软连接的指向问题

tar zxvf perl-5.10.0.tar.gz
cd perl-5.10.0
./Configure -des -Dprefix=/usr/local/perl    # 参数-Dprefix指定安装目录为/usr/local/perl
make
make test
make install

mv /usr/bin/perl/ usr/bin/perl.bak   # 替换系统原有的perl
ln -s /usr/local/perl/bin/perl/ usr/bin/perl
perl –v

perl -MCPAN-e shell  # 安装一些其它perl模块
#第一次执行的话，会提示安装cpan并要求连接网络下载最新的模块列表.然后就可以安装东西了
cpan> install DBI