#开头处常用模块

#!usr/bin/perl

use warnings;

use strict;

use Getopt::Long;   

use File::Basename;

use PerIO::gzip;     #open IN,"<:gzip","$in" or die " $in:$!"; #打开的是一个gzip压缩文件，即$in是file.gz文件

use Cwd;

#外部参数设置“模块”—— “use Getopt::Long; ”（另有详解）

my ($indir,$rep,$dep,$out);
GetOptions(
　　"indir:s" => \$indir,
 　　"rep:s" => \$rep,
　　"dep:i" => \$dep,
　　"out:s" => \$out,
);

#说明“模块-1” 

=head1 name

　　myfile,pl

　　#介绍此脚本功能

=head1 example

　　perl  myfile.pl  -参数1  ******** -参数2  ********* -参数  ********   2>myfile.log  

=head1 description                                            #如果，使用Getop::Long模块，一般此处为参数解释说明

　　-参数1      <str>             ********

　　-参数2      [str] 　　　　********

　　-参数3　　[int]　　　　********

　　-参数4　　[flt]　　　　 ********

　　-参数　　　　　　　　 ********

　　-help　　　　　　　　 help

=head1 author

　　　[email protected]

=head1 version

　　　1.0  2017-07-15   15:00

=cut

die `pod2text $0` if ( $help );                                 # 当用户有输入 -help参数时，进行输出上边的=head1 ...=head1 ......=cut框架中的信息；

die `pod2text $0` unless ($fq1 && $list1);             # 用于缺少指定的必须参数时，进行报错，输出上边的=head1 ...=head1 ......=cut框架中的信息；

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　# `command`
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　# Perl使用反引号调用外部命令（命令行命令）能够捕获其标准输出，并按行返回且每行结束处附带一个回车。反引号中的变量在编译时会被内插为其值。

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　# pod2text 是命令行函数   #功能输出处理对象（脚本）中的的=head1 ...=head1 ......=cut框架中的信息

#说明“模块-2” 

my $usage=<<USAGE;
Usage : $0
　　-indir : directory for input files
　　 -rep : repeat rate[1.5]
　　-dep : depth[0]
　　-out : outfile
USAGE

#显示时间信息 　　　　                 

my $time=`date`;                                                   # date 命令行函数，输出时间

print STDERR "|-- Start $0 at time: ".$time."\n";     # $0指代的就是myfile.pl脚本

#注释框信息——任意发挥你想要的解释or提示作用

eg1:解释文件格式

#####adapter.list format#########################################################################
# FC81CCCABXX:3:1101:1235:2198#ACTTGAAT/1 49 31 48 iPE-3+ 34 0 17 18 0
# reads_id reads_len reads_start reads_end adapter_id adapter_len adapter_start adapter_end align_len mismatch
############################################################################################

#内部全局参数设置及初始化

my($name,$place,$num);

#内部全局Perl取整、四舍五入、向上取整、向下取整

取整int 
四舍五入round 
向上取整POSIX::ceil 
向下取整就是int或者POSIX::floor

其中ceil和floor，要使用库POSIX，在perl源代码里加入

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use POSIX;

#打开外部文件

if($methy=~/\.gz$/){
　　open IN,"<:gzip",$methy || die $!;
}
else{
　　open IN,$methy || die $!;
}

#打开输出文件

if($cout =~ /.gz$/){open OT,">:gzip",$cout;}else{open OT,">$cout";}

#while循环

while（<IN>）{

　　chomp($_); #去掉换行符字符

　　next if（$_ eq ""）;#跳过空行

　　next if（$_=~/^$/）#跳过空行

　　last if(not defined $_); #跳过不含字符（包含换行符、空格、空行等）和数值的行，defined判断变量（无论这个变量是否被定义）是否为空（即不包含任何字符和数值）。

}

#for循环

for( $a = 0; $a < 10; $a = $a + 1 ){

　　print "a 的值为: $a\n";

}

#split方便用法

my $chromosome_2 = (split /\./,$chromosome)[0];   

my ($id, $strand, $chr) = (split /\t/)[0..2];      #以空格为分割标准为 /\t/ 

my ($id, $strand, $chr) = (split /\s+/)[0..2];      #以空格为分割标准为 /\s+/ 

#偶尔用，但很容易忘记的字符串截取命令substr()

语法：substr($string,offset,length)
offset代表起始字符的位置,length代表引用的字符串长度，如果省略length则代表从起始值到字符串的最后一个字符长度。而offset如果是负值的话，就会从字符串右边开始指定字符。

1. $s=substr("perl5",2,2);#这时$s="rl";  
2. $s=substr("perl5",2);#这时$s="rl5";  
3. $s=substr("perl5",-2,2);#这时$s="er"; 

PS：

#一些特殊符号的意义

$0      #指代的就是运行的*.pl 或者  /dir1/dir2/*.pl，即命令行  perl  *.pl    或者 perl   /dir1/dir2/*.pl     

$?     #如果，报错，$?会产生一个数值，可用下边的perl脚本纠错，查出$?产出的数值是代表什么报错（这个脚本内容没搞明白！）

if ($? == -1) {
print "failed to execute: $!\n";
}
elsif ($? & 127) {
print "child died with signal %d, %s coredump\n",($? & 127), ($? & 128) ? 'with' : 'without';
}
else {
print "child exited with value %d\n", $? >> 8;
}

$!      #直接文字报错说明原因

die “$!”    #打印$!值，并结束整个进程 #他自带换行符