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如果用四种碱基生成密码子表,用三个循环就够了。但是如果要生成7个motif的全组合表,甚至生成kmer,手动写组合就不够现实。下面是利用hash实现全组合的一种算法。 my %dict_motif; my @element=("A","T","C","G"); for(my $i=0;$i<7;$i++){ if($i==0){ foreach my $base(@element){ $dict_motif{$base}=1; } } else { foreach my $old(keys %dict_motif){ foreach my $base(@element){ my $new=$old.$base; $dict_motif{$new}=1; } delete $dict_motif{$old}; } } } foreach my $motif(sort keys %dict_motif){ print "$motif\n"; }
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