问题1:如何设置默认镜像

你希望下载某些R包，因此希望设定默认的CRAN网站镜像，这样R每次下载时不需要你选择镜像。

解决方案

该方案要求用户R系统中包含一个.Rprofile文件，如方法3.16描述的那样：

1.调用chooseCRANmirror函数：

chooseCRANmirror()

R会显示CRAN镜像的列表。

2.从列表中选择镜像并点击确定。

3.通过查看repos选项的第一个元素来获取所选镜像的URL地址：

options("repos")[[1]][1]

4.将下面的命令添加至.Rprofile 文件中：

options(repos="URL")

其中的URL就是镜像的URL。

讨论

在每次安装R包的过程中都会使用相同的CRAN镜像（即离本地最近的镜像地址）。你可能对于R重复地询问选择镜像感到厌烦。按照上述方法所给出的解决方案进行操作，便设定了默认的镜像，R每次就不再询问了。

repos选项是默认镜像的名称。使用chooseCRANmirror函数选择镜像时会有一个重要的副作用，即按照选择来设定repos选项。问题是当R退出时，R不会保存选择的镜像为默认镜像。通过在.Rprofile中对repos进行设定，R在启动时会自动恢复你的设定。

问题2:R包选择镜像以及本地安装

bioconductor选择镜像：
选用中科大镜像 [PS：如果biocLite出错，重新打开R就好了]

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
biocLite("methylKit")
# biocLite("你所需要的bioc包")

问题3:R社区的简单解析（CRAN、CRAN Task View）

1、R社区——主界面：https://www.r-project.org/

主要功能：提供下载、最新版本的信息

2、R社区——CRAN Mirrors：https://cran.r-project.org/mirrors.html

主要功能：世界各地镜像地，挑一个离你近的。R镜像是为了方便世界各地的使用者下载R软件及相关软件包，在各地设置的镜像。各地的镜像都是R网站的备份文件，完全一样。所以，选择离你最近的镜像，你下载R软件或R包的速度相对较快。

3、R社区——Contributed Packages：https://cran.r-project.org/web/packages/

主要功能：已有函数包个数、按时间排列、按出版名称排列、安装包的方法、手动安装包的方法、自己编包的一些规则

4、R社区——CRAN Task Views：https://cran.r-project.org/web/views/

主要功能：包按功能分类，比如按计量经济学、贝叶斯、时间序列、临场试验、概率分布、空间、时空、生存等方面把包进行分类

5、生物统计家园有一些关于包的中文解释：http://www.biostatistic.NET/forum-144-1.html
解读:不太起眼的包的中文解读，还是能在一定程度上帮助你理解这个包

6、如果要使用这个功能，需要先下载包ctv：

install.packages('ctv")

然后使用如下命令：

install.views("Econometrics")

这样就可以将计量经济学范畴的包都下载安装了。

目前的views有:

Bayesian         Bayesian Inference 
Cluster           Cluster Analysis & Finite Mixture Models 
Econometrics     Computational Econometrics 
Environmetrics   Analysis of ecological and environmental data 
Finance           Empirical Finance 
Genetics         Statistical Genetics 
Graphics         Graphic Displays & Dynamic Graphics & Graphic Devices & Visualization 
gR                   gRaphical models in R 
MachineLearning     Machine Learning & Statistical Learning 
Multivariate         Multivariate Statistics 
SocialSciences       Statistics for the Social Sciences 
Spatial               Analysis of Spatial Data 

涵盖的面已经比较广了，陆续应该还会有很多主题会添加进去。

大家可以在各个CRAN镜像中看到views这栏，里面会对每个具体的view进行一些介绍，比如计量经济学，我们可以在其介绍中看到很多有用的内容，尤其是关于计量经济学各个领域需要的包等信息，具体的信息可以通过如下链接获得：http://cran.r-project.org/src/contrib/Views/Econometrics.html